Towarzystwo Wydawnicze „Historia Iagellonica” funkcjonuje na rynku wydawniczym od 1996 r. Ma za sobą ponad 25 lat doświadczeń w publikowaniu książek naukowych, głównie o tematyce historycznej. Do tej pory w portfolio Towarzystwa znajduje się prawie 300 tytułów.

„Historia Iagellonica” specjalizuje się w wydawaniu recenzowanych monografii naukowych z następujących dziedzin: historia, historia sztuki, archeologia, filologia, politologia, psychologia. Większość publikacji wydawana jest w języku polskim, ale Towarzystwo w swoim dorobku wydawniczym ma też książki napisane w języku angielskim i niemieckim. Towarzystwo wydaje różne rodzaje prac naukowych: monografie, studia i rozprawy, słowniki, kalendaria, edycje źródeł, materiały pokonferencyjne i pokongresowe, informatory (np. ceniona seria Informatorów statystycznych do dziejów społeczno-gospodarczych Galicji) czy inwentarze źródeł historycznych.Towarzystwo wydawało też dwa czasopisma: „Nowa Ukraina. Zeszyty Historyczno-Politologiczne” i „Lehahayer. Czasopismo poświęcone dziejom Ormian polskich”.

Wydawane przez Towarzystwo publikacje reprezentują wysoki poziom wydawniczy i naukowy. Posiadają streszczenia w języku angielskim, a niekiedy w innych (niemiecki, francuski), indeksy osobowe, a w zależności od tematu pracy indeksy geograficzne, bibliografie, w tym również bibliografie do artykułów w pracach zbiorowych.

Towarzystwo publikuje przede wszystkim książki pracowników naukowych Uniwersytetu Jagiellońskiego, ale też współpracowało lub współpracuje z innymi instytucjami jak: Muzeum Narodowe w Krakowie, Uniwersytet im. Mikołaja Kopernika w Toruniu, Uniwersytet Wrocławski, Uniwersytet Warszawski, Uniwersytet w Białymstoku, Uniwersytet Rzeszowski.

Towarzystwo posiada w zdecydowanej przewadze fundusze własne. Pochodzą one z dotacji oraz ze środków własnych, wypracowanych przez samo Towarzystwo w ramach działalności wydawniczej i ze sprzedaży własnych publikacji. W zdecydowanej większości Towarzystwo bazuje na subwencjach przyznanych przez Uniwersytet Jagielloński, inne uczelnie wyższe oraz Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Zgodnie ze statutem Towarzystwa wszystkie pozyskane środki i ewentualne zyski obraca się na rozwój badań historycznych i wydawanie prac naukowych. Towarzystwo nie zatrudnia żadnych pracowników etatowych, wszystkie osoby kierujące Towarzystwem działają społecznie.

W swych działaniach Towarzystwo koncentruje się przede wszystkim na działalności edytorskiej. Prace wydawnicze zleca podmiotom zewnętrznym, wykonującym następujące prace: redakcja i korekta, skład DTP tekstu, przygotowanie szaty graficznej publikacji, w tym ilustracji i okładki oraz druk. Prace redakcyjne wykonują osoby z odpowiednim wykształceniem (studia polonistyczne) i doświadczeniem zawodowym, co gwarantuje wysoki poziom prac nad tekstami i ich przygotowaniem do druku. Nasi redaktorzy posiadają w swoim dorobku przygotowanie publikacji z różnych dziedzin nauki, w tym dziesiątki książek, artykułów, słowników i encyklopedii, wydawanych przez renomowane wydawnictwa. Skład i łamanie tekstu przygotowuje profesjonalne studio poligraficzne. Druk książek wykonuje ceniona na rynku firma poligraficzna „Poligrafia Salezjańska” z Krakowa, oferująca wysoki poziom druku offsetowego, co pozwala na obniżenie kosztów jednostkowych przy wyższych nakładach. Wydawnictwo dba nie tylko o poziom merytoryczny, ale także i o techniczną warstwę książki, w tym szatę graficzną.

Fundamentem polityki wydawniczej Towarzystwa jest publikowanie książek w seriach wydawniczych. Towarzystwo wydawało i wydaje książki w ramach następujących serii: „Byzantina et Slavica Cracoviensia”, „Medium Aevum“, „Mediterraneum – Studia z dziejów świata starożytnego”, Notos – Scripta Antiqua et Byzantina”, „XX wiek, „Studia edytorskie”, „Studia z Historii Nowożytnej”, „Studia z historii XIX wieku”, „Pragmateia”, „Społeczeństwo i gospodarka Galicji. Studia i materiały”, etc. Cechują się one jednolitą szatą graficzną. Każda z nich posiada własnego opiekuna merytorycznego, historyka, specjalisty z danej dziedziny lub epoki. Aktualnie ukazują się następujące serie wydawnicze: „XX wiek” (redaktor serii: dr hab. Jakub Polit, prof. UJ), „XIX wiek” (redaktor serii dr hab. Tomasz Kargol, prof. UJ), „Społeczeństwo i gospodarka Galicji. Studia i materiały” (redaktorzy dr hab. Tomasz Kargol, prof. UJ i dr hab. Krzysztof Ślusarek), „Studia z Historii Nowożytnej” (dr Rafał Szmytka), „Maedi aevi” (dr hab. Marek Ferenc, prof. UJ i dr hab. Michał Stachura, prof. UJ), „Pragmateia” (dr Tomasz Grabowski), „Studia edytorskie” (dr hab. Adam Perłakowski), „Notos – Scripta Antiqua et Byzantina” (dr hab. Sławomir Sprawski, prof. UJ), „Mediterraneum – Studia z dziejów świata starożytnego” (dr hab. Sławomir Sprawski, prof. UJ), „Źródła Historyczne” (dr hab. Marek Ferenc, prof. UJ i dr hab. Sławomir Sprawski, prof. UJ). Redaktorzy serii sprawują opiekę merytoryczną i naukową nad wydawanymi publikacjami, a przed skierowaniem tekstu do druku dokonują jego wewnętrznej oceny wydawniczej, prezentowanej następnie członkom Zarządu.

Towarzystwo w pełni wywiązuje się z przekazywania egzemplarzy obowiązkowych dla wszystkich instytucji uprawnionych do jego otrzymywania. Dba o drożne kanały dystrybucyjne, by książki oraz ich autorzy pozostawali w obiegu naukowym i powszechnym (głównie krajowym, w niektórych wypadkach również i międzynarodowym). Książki Towarzystwa dostępne są w ogólnokrajowych sieciach dystrybucyjnych (m.in. Empik, Motyle Książkowe, Ateneum), są dystrybuowane za pośrednictwem specjalistycznych księgarń oraz własnego sklepu internetowego. Działalność promocyjna Towarzystwa obejmuje prezentację książek na stronie internetowej, podczas wydarzeń naukowych organizowanych w Instytucie Historii UJ oraz na Targach Książki Historycznej. Towarzystwo posiada swoje konta w repozytoriach cyfrowych oraz nadaje wersjom cyfrowym numery DOI.

Publikacje Towarzystwa Wydawniczego „Historia Iagellonica” są cenione przez środowisko naukowe. Dowodem uznania dla nich jest między innymi przyznanie w 2010 r. wydanej przez Towarzystwo książce J. Bruskiego Między prometeizmem a Realpolitik. II Rzeczpospolita wobec Ukrainy sowieckiej 1921–1926 Nagrody im. Wacława Felczaka i Henryka Wereszyckiego. W 2014 r. Towarzystwo otrzymało Nagrodę im. Jerzego Skowronka za pracę Dywizja Kozaków Sułtańskich. Polityczno-wojskowe koncepcje stronnictwa Czartoryskich w okresie wojny krymskiej (1853–1856) autorstwa Pawła Wierzbickiego, Kraków 2013, a w 2015 r. za książkę Historia Biblioteki Polskiej w Paryżu w latach 1838–1893autorstwa Janusza Pezdy. Z kolei praca Jerzego Wowczaka o Janie Sas-Zubrzyckim otrzymała nagrodę „Krakowskiej Książki Miesiąca” w maju 2017.

Towarzystwo angażuje się również w inne formy propagowania nauki historycznej. Współorganizowało i współfinansowało szereg konferencji naukowych, w tym o charakterze międzynarodowym i poza granicami Polski: „To Be Free. Freedom and Its Limits in the Ancient World” (21–23 IX 2003 r.), Konferencję „Węgry I dookoła Węgier...”. “Narody Europy Środkowej w walce o wolność i tożsamość w XIX i XX wieku.” (12–13 XII 2003 r.), „Powstanie styczniowe – odniesienia, interpretacje, pamięć”, Kraków–Małogoszcz 21–22 II 2013 r., "Galicja w latach 1772–1867. Społeczeństwo i gospodarka", Kraków 19 XI 2014 r., "Wieś polska między pierwszym rozbiorem a kongresem wiedeńskim", Kraków 28 V 2015 r., „Rok 1846 w Krakowie i Galicji – odniesienia, interpretacje, pamięć”, Kraków 16–17 XI 2016 r., „Ab Occidente Referunt… „Zachód” doby nowożytnej w badaniach historyków polskich”, Kraków 24–25 XI 2016 r., „I Międzynarodową Konferencję Naukową Miasta Galicji w dobie przemian polityczno-ustrojowych w latach 1772–1867. Przestrzeń – społeczeństwo – władza”, Kraków 23 listopada 2017 r., „ІІ Міжнародна наукова конференція Галицькі міста в епоху суспільно-політичних реформ 1772–1867 рр. Зміни в міському просторі, Львів, 27 квітня 2018 р.”